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      基于親和的方法，如SomaScan檢測(cè)、O-link檢測(cè)]和多重Luminex檢測(cè)，為基于MS的蛋白質(zhì)組學(xué)提供了一種替代方案。這些檢測(cè)通過(guò)靶向預(yù)定的分析物并測(cè)量其相對(duì)濃度，繞過(guò)了動(dòng)態(tài)范圍和通量問(wèn)題SomaScan 檢測(cè)采用慢速修飾 DNA 適配體 （SOMAmer） 來(lái)捕獲特定蛋白質(zhì)，O-link 檢測(cè)是一種基于抗體的鄰近延伸檢測(cè)，而 Luminex 檢測(cè)使用帶有熒光檢測(cè)功能的基于微球的抗體。親和方法被廣泛用于大型臨床/隊(duì)列研究，因?yàn)樗鼈兡軌虼笠?guī)模評(píng)估更深層次的蛋白質(zhì)組（與基于 MS 的蛋白質(zhì)組學(xué)相比，最多 ~10× 個(gè)蛋白質(zhì)）。然而，每種測(cè)定都有其優(yōu)點(diǎn)和局限性，在解釋或選擇血漿蛋白質(zhì)組分析方法時(shí)，必須考慮這兩個(gè)因素。

      在選擇捕獲技術(shù)來(lái)評(píng)估蛋白質(zhì)組的表示時(shí)，重要的考慮因素是該方法的成本、靈敏度和特異性。與基于抗體的親和方法相比，SOMAmers 具有體積更小、設(shè)計(jì)簡(jiǎn)單、合成速度快等優(yōu)點(diǎn)。SOMAmer 通過(guò)其特定形狀與靶蛋白結(jié)合，而 O-link 和 Luminex 檢測(cè)是基于抗體的，需要多個(gè)或特異性表位。然而，SOMAmer 相對(duì)更易產(chǎn)生較低的結(jié)合親和力和非特異性結(jié)合。這可能導(dǎo)致遺傳關(guān)聯(lián)研究中缺少與數(shù)量性狀位點(diǎn)（quantitative trait loci， QTLs）和表型性狀的共定位、極端值或假陽(yáng)性結(jié)果比例較高。事實(shí)上，與O-link相比，SomaScan鑒定出的非特異性反式蛋白QTL（pQTL）關(guān)聯(lián)水平更高，表明靶標(biāo)特異性較差。當(dāng)SOMAmers的蛋白質(zhì)靶標(biāo)發(fā)生結(jié)構(gòu)修飾（例如新的蛋白質(zhì)形態(tài)）或存在具有相似結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)時(shí)，SOMAmers的結(jié)合親和力可能會(huì)受到損害。 相比之下，O-link和Luminex檢測(cè)具有更高的靶標(biāo)特異性，并且已被證明比SomaScan檢測(cè)具有更多的表型關(guān)聯(lián)數(shù)量。然而，抗體捕獲方法依賴(lài)于并不總是針對(duì)特定表位進(jìn)行驗(yàn)證的抗體;這些抗體大多是多克隆抗體，也容易產(chǎn)生交叉反應(yīng)，特異性降低，并且無(wú)法識(shí)別親本蛋白向新蛋白型的變化。不同平臺(tái)之間靶點(diǎn)特異性的差異令人擔(dān)憂(yōu)，尤其是在嘗試Meta分析pQTL結(jié)果時(shí)，因?yàn)閮蓚€(gè)平臺(tái)都可以發(fā)現(xiàn)顯著的關(guān)聯(lián)，但方向相反，例如神經(jīng)絲光對(duì)阿爾茨海默病的影響。雖然O-link檢測(cè)需要兩種抗體才能與目標(biāo)蛋白結(jié)合，但檢測(cè)基于下一代測(cè)序，因此基于擴(kuò)增，與基于Luminex微球的檢測(cè)相比，這可以增加信噪比。SomaScan和O-link的直接比較發(fā)現(xiàn)，雖然O-link具有更高的批內(nèi)和批間變異系數(shù)，但它似乎更擅長(zhǎng)識(shí)別受遺傳變異影響的蛋白質(zhì)。這可能是由于捕獲技術(shù)的差異，因?yàn)檫m配體對(duì)結(jié)合相似蛋白具有更高的敏感性，甚至是假陽(yáng)性蛋白，由于特異性較低，導(dǎo)致靈敏度/可重復(fù)性增加。最后，親和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)與幾種蛋白質(zhì)中基于MS的蛋白質(zhì)組學(xué)的相關(guān)性較差。因此，這些方法具有不同程度的假陽(yáng)性風(fēng)險(xiǎn)，這些假陽(yáng)性需要驗(yàn)證，但為表征目標(biāo)目標(biāo)分析物提供了穩(wěn)健的解決方案。

      Seer 的 Proteograph 是一種新的檢測(cè)方法，它將基于 MS 的蛋白質(zhì)組學(xué)與捕獲技術(shù)相結(jié)合。它依賴(lài)于幾種具有獨(dú)特理化特性的多樣化納米顆粒來(lái)捕獲其表面的蛋白質(zhì)，然后使用專(zhuān)有軟件進(jìn)行洗脫和基于MS的蛋白質(zhì)組學(xué)進(jìn)行非靶向蛋白質(zhì)檢測(cè)和分析。與單獨(dú)基于MS的蛋白質(zhì)組學(xué)相比，Seer平臺(tái)提供了無(wú)與倫比的血漿蛋白質(zhì)組覆蓋深度，跨越了七個(gè)數(shù)量級(jí)。然而，將每種獨(dú)特納米顆粒所需的多次 DIA 運(yùn)行結(jié)合起來(lái)的分析/生物信息學(xué)障礙仍未得到解決。Seer 尚未與其他基于親和力的測(cè)定進(jìn)行基準(zhǔn)測(cè)試，捕獲蛋白質(zhì)的可重復(fù)性，尤其是批量效應(yīng)，需要進(jìn)一步評(píng)估。

      總之，鑒于臨床蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的選擇范圍廣泛，應(yīng)努力進(jìn)行基準(zhǔn)測(cè)試，并對(duì)其通量、準(zhǔn)確性、精密度、檢測(cè)限/定量和分析靈敏度/特異性進(jìn)行頭對(duì)頭比較。

Table 1 Comparison of technical characteristics, analytical strategies and cost of plasma proteomics methods

From: Harnessing the power of proteomics in precision diabetes medicine